而经历了较长一段和平时期的地球，人类开始实行浩大的移民计划，古代进临危受命成为第三次移民团的护航舰队总司令， 然而在这一过程中，全新的大和号也在这次移民中复活登场…… ，却正面临最大的危机，。

曾经为了保护地球和人类的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久。

一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系靠近，运输船被星际国家联盟的外星生命视作侵略者，古代进的妻子阿雪也在最近一次护航行动中失踪， 为了寻得一线生机， 公元2220年，人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。

继而遭到毁灭性的打击，借助运输船的帮助，人类赖以生存的蓝色星球行将湮灭， 离地球毁灭不足一个月。